要在WordPress主题中制作两个独立的侧边栏模板文件，可以按照以下步骤操作：

1.在主题文件夹中创建两个新文件，例如sidebar-1.php和sidebar-2.php。

2.在这两个文件中添加以下代码以定义侧边栏的布局和内容：

<!-- sidebar-1.php -->
<div id="sidebar-1" class="widget-area" role="complementary">
    <?php dynamic_sidebar( 'sidebar-1' ); ?>
</div>
<!-- sidebar-2.php -->
<div id="sidebar-2" class="widget-area" role="complementary">
    <?php dynamic_sidebar( 'sidebar-2' ); ?>
</div>

3.在主题中的functions.php文件中添加以下代码来注册两个侧边栏：

function custom_theme_widgets_init() {
    register_sidebar( array(
        'name' => __( 'Sidebar 1', 'custom-theme' ),
        'id' => 'sidebar-1',
        'description' => __( 'Add widgets here to appear in Sidebar 1.', 'custom-theme' ),
        'before_widget' => '<div id="%1$s" class="widget %2$s">',
        'after_widget' => '</div>',
        'before_title' => '<h2 class="widget-title">',
        'after_title' => '</h2>',
    ) );
    register_sidebar( array(
        'name' => __( 'Sidebar 2', 'custom-theme' ),
        'id' => 'sidebar-2',
        'description' => __( 'Add widgets here to appear in Sidebar 2.', 'custom-theme' ),
        'before_widget' => '<div id="%1$s" class="widget %2$s">',
        'after_widget' => '</div>',
        'before_title' => '<h2 class="widget-title">',
        'after_title' => '</h2>',
    ) );
}
add_action( 'widgets_init', 'custom_theme_widgets_init' );

4.在主题中的page.php或single.php等页面模板文件中，根据需要调用相应的侧边栏模板文件。例如：

<?php get_template_part( 'sidebar', '1' ); ?>
<?php get_template_part( 'sidebar', '2' ); ?>

注意：这只是一个示例，具体的实现方法可能因主题而异。